La percepción popular y de los últimos siglos sobre los alquimistas, es que eran charlatanes que intentaban convertir plomo en oro, y que empleaban la mayor parte de su tiempo elaborando remedios milagrosos, venenos y pociones mágicas.
Fundaban su ciencia en que el universo estaba compuesto de cuatro elementos clásicos a los que llamaban por el nombre vulgar de las sustancias que los representan, a saber: tierra, aire, fuego y agua, y con ellos preparaban un quinto elemento que contenía la potencia de los cuatro en su máxima exaltación y equilibrio.
La mayoría eran investigadores cultos, inteligentes y bien intencionados, e incluso distinguidos científicos, como Isaac Newton y Robert Boyle. Estos innovadores intentaron explorar e investigar la naturaleza misma. La base es un conocimiento del régimen del fuego y de las sustancias elementales del que tras profundas meditaciones se pasa a la práctica, comenzando por construir un horno alquímico a menudo las carencias debían suplirse con la experimentación, las tradiciones y muchas especulaciones para profundizar en su arte.
Para los alquimistas toda sustancia se componía de tres partes mercurio, azufre y sal siendo estos los nombres vulgares que comúnmente se usaban para designar al espíritu, alma y cuerpo, estas tres partes eran llamadas principios. Por manipulación de las sustancias y a través de diferentes operaciones, separaban cada una de las tres partes que luego debían ser purificadas individualmente, cada una de acuerdo al régimen de fuego que le es propicia, la sal con fuego de fusión y el mercurio y el azufre con destilaciones recurrentes y suaves. Tras ser purificadas las tres partes en una labor que solía conllevar mucho tiempo y que debían vigilarse los aspectos planetarios las tres partes debían unirse para formar otra vez la substancia inicial. Una vez hecho todo esto la substancia adquiría ciertos poderes.
Los aprendices de alquimistas, a lo largo de la historia de la disciplina, se esforzaron en entender la naturaleza de estos principios y encontraron algún orden y sentido en los resultados de sus experimentos alquímicos, que a menudo eran socavados por reactivos impuros o mal caracterizados, falta de medidas cuantitativas y nomenclatura hermética. Esto motivaba que muchos después de años de intensos esfuerzos acabaran arruinados y maldiciendo la alquimia. Los aprendices por lo general debían empezar por trabajar en el reino vegetal hasta dominar el régimen del fuego, las diversas operaciones y el régimen del tiempo.
Los alquimistas para diferenciar las sustancias vulgares de aquellas fabricadas por el arte alquímico, que siendo designadas por el mismo nombre de acuerdo a alguna de sus propiedades, procedían a usar el apelativo de «filosófico» o «nuestro». Así, se hablaba de «nuestra agua» para diferenciarla del agua corriente, pero a lo largo de los textos alquímicos se asume que el aprendiz ya sabe diferenciar una de otra y, en ocasiones, explícitamente no se usa, ya que de acuerdo al arte hermético «no se debe dar perlas a los cerdos», razón por la que muchos fracasaban al seguir al pie de la letra las diferentes recetas. La «iluminación» sólo se alcanzaba tras arduos años de riguroso estudio y experimentación. Una vez que el aprendiz lograba controlar el fuego, el tiempo de los procesos y los procesos mismos en el reino vegetal, estaba listo para acceder a los arcanos mayores, esto es, los mismos trabajos en el reino animal y mineral. Sostenían que la potencia de los remedios era proporcional a cada naturaleza.
Las trabajos de los alquimistas se basaban en las naturalezas, a cada reino le correspondía una meta: al reino mineral la transmutación de metales vulgares en oro o plata, al reino animal la creación de una «panacea», un remedio que supuestamente curaría todas las enfermedades y prolongaría la vida indefinidamente. Todas ellas eran el resultado de las mismas operaciones donde lo que cambiaba eran la materia prima, la duración de los procesos y la vigilancia y fuerza del fuego. Una meta intermedia era crear lo que se conocía como menstruo y que lo que ofrecía era multiplicación de sí mismo por inmersión de otras substancias semejantes en fusión/disolución (según su naturaleza) con estas. De modo que se conseguía tanto la generación como la regeneración de las substancias elementales. Estos no son los únicos usos de esta ciencia, aunque sí son los más conocidos y mejor documentados. Desde la Edad Media, los alquimistas europeos invirtieron mucho esfuerzo y dinero en la búsqueda de la piedra filosofal.
